[오늘, 이 재판!] 면세사업에 ‘부가세’ 지급한 지자체…대법 “전액 못 돌려받아”

영등포구청, 폐기물처리 업체와 용역계약 맺고 부가세 부담
뒤늦게 '면세사업' 알고 환급 요청…매입세액 불공제분 갈등
1·2심 "부가세 전액 반환해야"→대법 "매입세액 공제 따져야"

대법원 전경/박성일 기자

지방자치단체가 부가가치세를 포함한 용역계약을 맺은 뒤 나중에 면세사업임을 알았더라도 전액을 돌려받을 수 없다는 대법원 판단이 나왔다. 용역업체가 면세사업임을 미리 알았다면 공제받지 못하는 매입세액까지 입찰가격에 반영했을 것이라는 이유에서다.

대법원 3부(주심 노정희 대법관)는 서울 영등포구청이 폐기물처리업체 A·B사에 제기한 부당이득금 소송에서 "원심 판결은 부당이득 반환 범위 및 부가가치세법상 세액납부 등에 관한 법리를 오해한 잘못이 있다"며 사건을 서울남부지법에 돌려보냈다고 4일 밝혔다.

영등포구청은 관할구역 내 배출되는 수도권매립지 반입불가 폐기물을 처리하기 위해 2008년 7월부터 2012년 2월까지 A·B사와 용역계약을 맺고 부가가치세를 포함한 용역대금을 지급했다. 이후 2013년 7월경 구청은 해당 사업이 면세대상임을 알게 됐고, 이에 부가가치세 상당액의 환급을 요청했다.

A·B사는 과세당국에 부가가치세 경정청구를 통해 돌려받은 금액을 반환했는데, 여기서 문제가 생겼다. 업체가 돌려받은 환급액은 영등포구가 용역대금에 대해 지급한 부가가치세 전액이 아닌 용역 공급에 따른 회사의 매입세액이 공제된 금액이었기 때문이다.

이에 두 회사는 "처음부터 면세사업인 줄 알았다면 아예 입찰에 참여하지 않았거나 참여하더라도 매입세액 불공제 상당액을 입찰가격을 반영했을 것"이라며 구청 과실로 이를 비용으로 산정하지 못해 손해를 입게 됐을 뿐이라고 주장했다.

하급심 재판부는 두 회사의 주장을 받아들이지 않았다. 재판부는 "이 사건 용역계약은 부가가치세 약정 부분은 제외하는 것으로 수정해 해석하는 것이 타당하다"며 "구청이 두 회사에 부가가치세 명목으로 지급한 금원은 법률상 원인 없이 수수된 것이므로 특별한 사정이 없는 한 부당이득금으로 반환할 의무가 있다"고 했다.

대법원의 판단은 달랐다. 대법원은 우선 "과세사업의 경우 사업자는 실질적으로 매입세액을 부담하지 않는 반면 면세사업의 경우 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않는다고 규정하고 있어 사업자는 매입에 관한 부가가치세를 부담하게 돼 그만큼 원가가 증가하게 된다"고 지적했다.

이어 대법원은 "구청은 부가가치세 과세대상임을 전제로 용역예정금액 추정가격과 부가가치세를 별도로 명시해 각 입찰공고를 했다"며 "이에 두 회사는 매입세액을 공제받을 수 있다는 계산 하에 입찰에 참가해 용역계약을 체결한 것으로 보인다. 그럼에도 원심은 부가가치세 전액 상당의 부당이득 반환 의무를 부담한다고 판단했다"며 사건을 파기환송했다.